Studer, Sohn eines naturkundlich sehr interessierten Theologen, studierte Theologie und Mathematik. 1815 Mathematiklehrer am Berner Gymnasium, 1816 Abschluß des Theologiestudiums, dann von 1816 bis 1818 Studium in Göttingen, Freiberg (Bergakademie) und Paris. 1818 wieder am Berner Gymnasium, gleichzeitig Vorlesungen über Physik und Mathematik an der Berner Akademie und Leitung der Mineralogischen Sammlung des Kantons. 1825 erschien seine erste sehr beachtete Veröffentlichung "Beiträge zu einer Monographie der Molasse". Bis zu seiner Emeritierung 1873 war er Inhaber des Lehrstuhls für Geologie in Bern.

Mit den ihm befreundeten Konrad Eschner und Peter Merian gilt Studer als der Begründer der wissenschaftlichen Geologie in der Schweiz. In vielen, meist zu Fuß mit Fachgenossen aus ganz Europa unternommenen Reisen sammelt er das Material für einen in Monographien und geologischen Karten dargestellten ersten Überblick über den Bau der Alpen. 25 Jahre lang ist er Präsident der "Commission für Geologische Karten der Schweiz".

Hauptwerke: "Geologie der westlichen Schweizer Alpen", "Lehrbuch der Mathematischen Geographie", "Lehrbuch der physikalischen Geographie und Geologie", "Geologie der Schweiz" (zwei Bände).

1845 Mitglied der Berliner Akademie der Wissenschaften.