Christoph Wolff studierte Kirchenmusik, Orgel und historische Tasteninstrumente in Berlin und Freiburg (1963 Staatsexamen) sowie Musikwissenschaft, Kunstgeschichte und Theologie in Berlin und Erlangen (1966 Dr. phil.). Nach Lehrtätigkeit in Erlangen, Toronto und New York (Columbia University) wechselte er 1976 an die Harvard University und war dort langjähriger Chair des Department of Music, 1991-92 kommissarischer Direktor der University Library und 1992-2000 Dekan der Graduate School of Arts and Sciences. 2002 wurde er Adams University Professor und erhielt mit dieser fakultätsübergreifenden Ernennung die höchste akademische Auszeichnung an Harvard. Im Nebenamt leitete er 2001-2013 das Bach-Archiv Leipzig und baute die von Bund, Land und Stadt getragene Einrichtung zu einem modernen Forschungsinstitut an der Universität Leipzig aus.  

Als vordringliche Aufgabe betrachtet Wolff die weltweite Erschließung der Quellen für die historische Musikforschung zur Konsolidierung und Präzisierung ihrer materiellen und kulturgeschichtlichen Basis, betont durch jahrzehntelanges Engagement für das Répertoire International des Sources Musicales (2004-2013 Präsident, seither Ehrenpräsident). Seine Publikationen gelten der Musikgeschichte vom 15. bis ins 20. Jahrhundert mit Untersuchungen zu spätmittelalterlichen Notationen, früher Tastenmusik, Monteverdi, Schütz, Händel, den Bach-Söhnen, Schubert, Wagner, Brahms und Schönberg, zur Neuen Sachlichkeit der 1920er Jahre, zur Musik-Ikonographie, -Terminologie und Musiker-Emigration der Nazizeit.

Deutliche Forschungsschwerpunkte bilden Bach und Mozart – mit Monographien (in mehrere Sprachen übersetzt) und Editionen sowie Quellenstudien und stilkritischen Arbeiten zu allen Werkgattungen beider Komponisten.

Auszeichnungen: Gastprofessuren führten Wolff nach Princeton, Basel, München und New York (Juilliard School). Er ist Honorarprofessor der Universität Freiburg, Mitglied der American Academy of Arts and Sciences, der American Philosophical Society, der Sächsischen Akademie der Wissenschaften zu Leipzig, der Akademie für Mozart-Forschung Salzburg (Vorsitz 1994 – 2006) und wurde mit zahlreichen Preisen, verschiedenen Ehrenpromotionen und dem Großen Bundesverdienstkreuz ausgezeichnet.