Nach dem Studium orientalischer Sprachen, besonders Chinesisch, Mandschu und Sanskrit, habilitierte sich Haenisch 1911 für Sinologie, wirkte von 1919 bis 1925 am Museum für Völkerkunde, wurde Professor in Leipzig und 1932 bis 1945 Inhaber des Lehrstuhls für Sinologie an der Friedrich-Wilhelm-Universität in Berlin.

Haenisch besaß ungewöhnlich genaue und unmittelbare Kenntnisse über Ostasien, seine natürlichen Zustände, seine Menschen und seine Geschichte. Er war von 1904 bis 1911 Lehrer der deutschen Sprache an der Militär-Akademie von Wutschang am Mittleren Jangtsekiang und hat während dieser Jahre auf ausgedehnten Reisen den riesigen Landkomplex von Kanton bis zum Baikalsee, vom Gelben Meer bis zu den Toren Tibets kennengelernt. 1928 hielt sich Haenisch in der Mongolei auf, 1936 arbeitete er in den Archiven von Peking, Mukden und Ulan Bator.

Unter den zahlreichen Arbeiten von Erich Haenisch ragen besonders hervor die 1952 erschienene Akademie-Abhandlung "Fürst und Volk, Soldat und Beamter in Staatsnot" und noch mehr die geniale Bearbeitung der Geheimen Geschichte der Mongolen, der ältesten mongolischen Chronik und des nationalen Heldenepos dieses Volkes.