Fleischer, der seine Laufbahn als Theologe begann, wandte sich schon als Student den orientalischen Sprachen zu. Er erhielt 1831 eine Anstellung an der Kreuzschule in Dresden und wurde 1835 Professor für orientalische Sprachen an der Universität Leipzig.

In Paris unter dem großen französischen Arabisten Silvestre de Sacy ausgebildet, wurde Fleischer der eigentliche Neubegründer der Arabistik in Deutschland. Um ihn sammelte sich eine große Hörerschar von Deutschen und Ausländern, um bei ihm philologische Akribie und Kritik im Arabischen zu erwerben. 

Fleischers Hauptinteresse war auf das rein Sprachliche gerichtet, worin er unübertroffener Meister war, so daß seine Studien und Bemerkungen zur arabischen Grammatik und Wortkunde heute immer noch benutzt werden. Seine Sprachbetrachtung war teilweise mehr philosophisch als philologischhistorisch.