Nach seiner Dissertation "Über den Versuch Kaiser Heinrich VI., Deutschland in ein Erbreich zu verwandeln" und nach seiner Studie über Rainald von Dassel wurde Ficker 1852 Professor für Geschichte an der Universität Innsbruck.

Seine wissenschaftliche Leistung liegt vor allem in der auf ungewöhnlich breites Urkundenmaterial gegründeten Erforschung des mittelalterlichen Verfassungslebens seit der späten Stauferzeit. Grundlegend in diesem Bereich sind seine Werke: "Vom Reichsfürstenstande" (2 Bde. 1861) und "Vom Heerschilde" (1862). Ferner veröffentlichte er 4 Bände "Forschungen zur Reichs- und Rechtsgeschichte Italiens" (1868-74) und eine Studie "Über das Eigentum des Reichs am Reichskirchengut" (1872).

Eine führende Rolle fiel Ficker 1861/62 in dem Streit um die Beurteilung der Italienpolitik und überhaupt des Charakters des mittelalterlichen Kaisertums zu. Gegenüber H. v. Sybel vertrat er den großdeutschen Standpunkt besonders in dem Buch: "Das deutsche Kaiserreich in seinen universalen und nationalen Beziehungen".

Ficker war Mitglied der wissenschaftlichen Akademien in Wien, Berlin, München, Oslo und Rom. Vom Kaiser von Österreich in den erblichen Adelsstand erhoben.