Thomsen, gleich bewandert in den indogermanischen und finnougrischen Sprachen, war von 1887 bis 1913 Professor in Kopenhagen. 1893 gelang ihm die Entzifferung des Alphabets der alttürkischen, sog. Orchoninschriften, die er im Bulletin der Dänischen Akademie unter dem Titel "Déchiffrement des inscriptions de l'Orkhon et de l'Iénisséi" bekannt gab. Drei Jahre später veröffentlichte er eine sorgfältige Interpretation beider damals verfügbaren Orchoninschriften. Durch Thomsens geniale Leistung wurde eine Sprache erschlossen, die um mehrere hundert Jahre älter ist als alle bis dahin bekannten türkischen Sprachzeugnisse.