Nach theologischem Studium in Oxford wurde Stubbs 1850 Vikar. Aber mehr und mehr wandte er sich der Erforschung mittelalterlicher Geschichte zu. 1858 erschien seine erste wissenschaftliche Veröffentlichung "Registrum sacrum Anglicanum". 1863 übertrug man ihm die Herausgabe der "Rolls Series", einer Sammlung mittelalterlicher Chroniken, zu denen Stubbs die Einleitungen schrieb. 

1866 nahm er einen Ruf als Professor der Geschichte nach Oxford an. Sein wissenschaftliches Hauptwerk wurde die "Constitutional History of England" (bis 1845 reichend, 1874-78 erschienen). Auch sie wie die Verfassungsgeschichte von Waitz mehr das Werk eines gelehrten Forschers als des darstellenden Historikers.

Erwähnt sei, daß Stubbs auch der deutschen frühmittelalterlichen Geschichte sein Interesse zuwandte. Aus seinem Nachlaß erschien 1908 ein Buch "Germany in the early Middle Ages" (476-1250).

Mit Übernahme des Bischofsamtes in Chester (1884) traten die historischen Studien in den Hintergrund. Die letzten 13 Jahre seines Lebens verbrachte Stubbs in weitgehender Zurückgezogenheit von wissenschaftlicher Arbeit als Lord Bishop of Oxford.