Jan Assmann wurde am 7.7.1938 in Langelsheim am Harz als erstes Kind des Architekten Hans Assmann und seiner Ehefrau Charlotte geb. Böning geboren. Seine Kindheit verbrachte er in Lübeck, das mit seiner einzigartigen Architektur und seiner Kirchenmusik eine bleibende Prägung hinterließ. 1949 zog die Familie nach Heidelberg um, wo er 1957 Abitur machte. Sein Studium der Ägyptologie, klassischen Archäologie und Gräzistik in München, Heidelberg, Paris und Göttingen beendete er 1965 mit einer Dissertation über ägyptische Sonnenhymnen. 1966 begann im Zuge eines Reise-Stipendiums seine jahrzehntelange Forschung in den Gräbern der thebanischen Nekropole. 1968 heiratete er Aleida Bornkamm, die im Nebenfach Ägyptologie studiert hatte und ihn, solange sie noch keine Kinder hatten, auf seinen thebanischen Grabungskampagnen sachkundig unterstützte.

Mit der Publikation eines dieser Gräber habilitierte er sich 1971 in Heidelberg; 1976 wurde er dort auf den Lehrstuhl für Ägyptologie berufen. Die Arbeit an religiösen Texten, vor allem Hymnen und Totenliturgien, blieb zentraler Forschungsschwerpunkt; daneben traten dann ab den 1980er Jahre immer stärker die Geschichte des biblischen Monotheismus (z.B. Moses der Ägypter 1998) und das Nachleben der ägyptischen Kultur in der europäischen Geistes- und Religionsgeschichte (z.B. Die Zauberflöte, 2005) hervor.

Gastprofessuren führten ihn u.a. nach Yale, Jerusalem, Houston, Paris, Oxford und Chicago, was seinen Horizont enorm erweiterte, ebenso wie die zahlreichen gemeinsamen Lehrveranstaltungen mit Kollegen und Kolleginnen anderer Fächer. Längere Forschungsaufenthalte führten ihn ans Wissenschaftskolleg zu Berlin, das Getty Research Center in Santa Monica, die Siemens-Stiftung in München und das Internationale Zentrum Kulturwissenschaft in Wien.  2003 wurde er in Heidelberg emeritiert und zog zu seiner Frau nach Konstanz, wo sie zu gemeinsamen Projekten forschten wie „Memory in the City“ und „Gemeinsinn“. Eine immer größere Rolle spielte für ihn die Musik, von der seine Bücher über Händels Israel in Egypt (2015) und Beethovens Missa Solemnis (2020) handeln.