Kunth war Schüler der Leipziger Thomasschule mit großer Neigung für die Naturwissenschaften, kam nach dem Tod des Vaters (1805) nach Berlin zu seinem Onkel Staatsrat Kunth, dem Erzieher von Alexander und Wilhelm von Humboldt.

Alexander von Humboldt förderte ihn und verhalf zur Wiederaufnahme seiner naturwissenschaftlichen Studien und berief ihn 1813 nach Paris zur Bearbeitung der von Humboldt und Bonpland gesammelten Pflanzen.

Während seines 16jährigen Aufenthaltes in Paris gab Kunth die von Bonpland begonnene Monographie der Melastomaceen heraus, Monographien über die Mimosen und Leguminosen (Sammlung von Humboldt und Bonpland), weiterhin genaue selbstgezeichnete Analysen von 215 Grasarten. Seine Bestimmung der von Passalacqua in ägyptischen Gräbern gefundenen Pflanzen erregte großes Interesse. 1829 wurde er neben H. F. Link zum Professor der Botanik und Vizedirektor des Botanischen Gartens in Berlin ernannt. Reiche Lehrtätigkeit und systematische morphologische Studien, die in den Abhandlungen der Berliner Akademie der Wissenschaft veröffentlicht wurden.

Seit 1833 erschienen 5 Bände der "Enumeratio plantarum omnium hucusque cognitarum secundum familias naturales disposita adjectis characteribus, differentiis et synonymis", in denen der größte Teil der Monocotyledonen-Familien bearbeitet wurde.