Als Sohn eines Brügger Rechtsanwalts studierte er zunächst Rechtswissenschaften, bald jedoch auch Geschichte in Gent und Paris, wo u.a. Ferdinand Lot sein Lehrer war und wo er sich als Diplomatiker an der École des Chartes ausbilden ließ. In Gent wurde er 1921 zum Dr. phil. und 1922 zum Dr. iur. promoviert. Sein wichtigster Lehrer war Henri Pirenne, dessen Lehrstuhl er übernahm, als Pirenne 1932 die flämisch gewordene Universität Gent verließ und zur Université libre in Brüssel überwechselte. In Gent wirkte Ganshof bis zu seiner Emeritierung 1961.

Ganshofs umfang- und themenreiches Schrifttum hat mehrere Schwerpunkte: neben regional begrenzten Arbeiten zur Geschichte des belgisch-flandrischen Raums - darunter auch einer Analyse der deutschen Verletzung der belgischen Neutralität im ersten Weltkrieg - steht eine große Zahl universalhistorischer, vor allem aber rechtshistorischer Beiträge, z. B. über den Stand der "Ministerialen", über Handelsprivilegien flandrischer Städte, über Burggerichtsbarkeit. Später konzentrierten sich seine Forschungen auf Rechtsstrukturen des frühen Mittelalters. Klassisch sind seine in mehrere Sprachen übersetzten Bücher: "Was ist Feudalismus?" (zuerst französisch 1944) und "Was waren die Kapitularien?" (zuerst flämisch 1955). Forschungsprägend waren seine zahlreichen Abhandlungen über das fränkische Großreich Karls des Großen und über dessen Auflösung.