Nach dem Abitur 1961 in Stuttgart studierte Bert Sakmann 1962 -1967 Medizin an den Universitäten Tübingen, Freiburg, Berlin, Paris und München. 1974 promovierte er an der Universität Göttingen mit einer Dissertation zur "Elektrophysiologie der neutralen Helladaption in der Katzenretina".

Von 1968 bis 1970 war Sakmann Medizinalassistent an der Universität München und in der Abteilung für Neurophysiologie am Max-Planck-Institut für Psychiatrie, anschließend Postdoctoral Fellow am Dept. of Biophysics des University College in London (1971-75). Seit 1974 arbeitete er am Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, Abt. Neurobiologie, in Göttingen und wurde 1983 Wissenschaftliches Mitglied der Max-Planck-Gesellschaft. 1982 hatte er an der Göttinger Universität eine Habilitationsschrift eingereicht mit dem Titel: "Beobachtung von Transmitter-Rezeptor-Wechselwirkung auf molekularer Ebene. Hochauflösende Strommessungen an kleinen Membranarealen von Einzelteilen und zellfreien Membranfragmenten". 1985 wurde Sakmann Direktor der Abteilung Zellphysiologie des Göttinger Max-Planck-Instituts für biophysikalische Chemie. 1989 wechselte er nach Heidelberg als Direktor der gleichnamigen Abteilung am dortigen Max-Planck-Institut für medizinische Forschung. Seit 1990 ist er außerdem Mitglied der Fakultät für Theoretische Medizin der Heidelberger Universität.

1991 wurde Sakmann gemeinsam mit E. Neher mit dem Nobelpreis für Physiologie oder Medizin ausgezeichnet. Er hat zahlreiche Ehrungen und Auszeichnungen im In- und Ausland erfahren.